Projets & contributions Projects & contributions

LiLiTTool est un outil de tracking biologique temps réel développé à l'EPFL pour la microscopie à feuille de lumière (lightsheet). Basé sur CoTracker3 (deep learning), il permet de suivre simultanément plusieurs régions d'intérêt dans des échantillons vivants en croissance — avec une latence inférieure à 1 seconde. En production depuis plus de 12 mois sur des microscopes Viventis, il s'étend maintenant à Zeiss ZEN. Une pré-publication est disponible (2026, 1^er auteur).

LiLiTTool is a real-time biological tracking tool developed at EPFL for light-sheet microscopy. Based on CoTracker3 (deep learning), it tracks multiple regions of interest simultaneously in live growing samples — with sub-second latency. In production for over 12 months on Viventis microscopes, now extending to Zeiss ZEN. A pre-print is available (2026, 1st author).

• Tracking multi-ROI temps réel avec CoTracker3 (<1 s de latence), 12+ mois en production continue
• Suivi de structures biologiques apparaissant en cours d'acquisition (ex: queue du poisson zèbre)
• Intégration native avec Viventis lightsheet et Zeiss ZEN
• Code open-source, pré-publication soumise (doi:10.64898/2026.04.03.715281)

• Real-time multi-ROI tracking with CoTracker3 (<1 s latency), 12+ months continuous production use
• Tracks biological structures appearing during acquisition (e.g. zebrafish tail)
• Native integration with Viventis lightsheet and Zeiss ZEN
• Open-source code, pre-print submitted (doi:10.64898/2026.04.03.715281)

Plateforme complète pour le criblage pharmacologique haut débit sur poisson zèbre (zebrafish), développée à l'EPFL. Le système intègre trois modèles ResNet (orientation, contrôle qualité, comptage de somites) avec la chaîne instrumentale SLIMS → VAST → Leica. Le délai de traitement a été réduit de plusieurs jours/semaines à quelques minutes — ce pipeline est aujourd'hui l'un des workflows phares du laboratoire.

Complete platform for high-throughput pharmacological screening on zebrafish, developed at EPFL. The system integrates three ResNet models (orientation, quality control, somite counting) with the SLIMS → VAST → Leica instrument chain. Processing time was reduced from days/weeks to minutes — this pipeline is now one of the lab's flagship workflows.

• 3 modèles ResNet en production : orientation, QC automatique, comptage de somites
• Intégration SLIMS ↔ VAST ↔ Leica : traitement entièrement automatisé de bout en bout
• Réduction du délai d'analyse de plusieurs semaines à quelques minutes
• Dashboard interactif (Bokeh/Panel) pour les biologistes — exploration et export des résultats

• 3 ResNet models in production: orientation, automatic QC, somite counting
• SLIMS ↔ VAST ↔ Leica integration: fully automated end-to-end processing
• Analysis turnaround reduced from weeks to minutes
• Interactive dashboard (Bokeh/Panel) for biologists — results exploration and export

Développement d'un dashboard Bokeh complet pour le contrôle de l'ablation laser sur les microscopes Viventis lightsheet du laboratoire. L'interface permet la sélection interactive de régions d'intérêt, la paramétrisation fine du laser et le contrôle d'acquisition en temps réel — remplaçant entièrement les workflows manuels précédents.

Development of a full Bokeh dashboard for laser ablation control on the lab's Viventis lightsheet microscopes. The interface enables interactive region selection, fine-grained laser parametrisation, and real-time acquisition control — fully replacing previous manual workflows.

• Interface Bokeh interactive : sélection de ROI, paramétrage laser, contrôle temps réel
• Remplacement complet des workflows manuels — gain de temps et reproductibilité améliorée
• Intégration native avec le système d'acquisition Viventis lightsheet
• Utilisé quotidiennement par les biologistes du laboratoire EPFL

• Interactive Bokeh interface: ROI selection, laser parametrisation, real-time control
• Full replacement of manual workflows — time savings and improved reproducibility
• Native integration with the Viventis lightsheet acquisition system
• Used daily by biologists in the EPFL lab

Plateforme full-stack développée en Django, intégrant monitoring de la variabilité de fréquence cardiaque (HRV), glycémie en continu, journaux d'entraînement, suivi nutritionnel et un modèle de gestion de l'allure course personnalisé. Projet pilote avec ~10 athlètes, ciblant les épreuves d'ultra-distance.

Full-stack Django platform integrating heart rate variability (HRV) monitoring, continuous glucose tracking, training logs, nutrition tracking and a custom race pacing model. Pilot project with ~10 athletes targeting ultra-distance events.

• App Django full-stack : HRV, glycémie continue, nutrition, entraînement et modèle d'allure
• Agrégation de données multi-sources (capteurs physiologiques, wearables)
• Tableaux de bord de visualisation pour entraîneurs et athlètes
• Modèle de prédiction de la performance et de gestion d'effort pour l'ultra-distance

• Full-stack Django app: HRV, continuous glucose, nutrition, training and pacing model
• Multi-source data aggregation (physiological sensors, wearables)
• Visualisation dashboards for coaches and athletes
• Performance prediction and effort management model for ultra-distance events

Key4HEP est un effort communautaire international visant à fournir un cadre logiciel unifié pour les futurs détecteurs de physique des hautes énergies (projet FCC au CERN). Co-fondé depuis zéro avec une équipe de 15 chercheurs, il est devenu le standard de facto adopté par de multiples projets de détecteurs majeurs. J'ai coordonné les équipes de computing FCC (6 ans) et d'analyse ATLAS (3 ans), totalisant 50+ physiciens sur plusieurs continents.

Key4HEP is an international community effort providing a unified software framework for future high-energy physics detectors (FCC project at CERN). Co-founded from scratch with a 15-researcher team, it became the de-facto standard adopted by multiple major detector projects. I coordinated the FCC computing (6 yr) and ATLAS analysis (3 yr) teams, totalling 50+ physicists across continents.

• Co-fondateur : architecture complète du framework, de zéro à standard international
• Coordination de 50+ physiciens sur plusieurs continents, 4 grandes publications techniques
• Pipelines d'analyse à l'échelle du pétaoctet sur HTCondor / Slurm
• CI/CD, tests automatisés, documentation complète — ouvert à la communauté HEP mondiale

• Co-founder: full framework architecture, from scratch to international standard
• Coordination of 50+ physicists across continents, 4 major technical papers
• Petabyte-scale analysis pipelines on HTCondor / Slurm
• CI/CD, automated testing, full documentation — open to the global HEP community